Dans Le bossu de Notre Dame 2, en 1488, six ans après les événements du film original, le capitaine Phoebus (Kevin Kline) et Esmeralda (Demi Moore) se sont mariés et ont un fils nommé Zephyr (Haley Joel Osment). Ils ont commencé une commune. Quasimodo (Tom Hulce) est maintenant libre d’interagir avec le public; Cependant, il continue à vivre dans la cathédrale avec ses amis de gargouille Victor (Charles Kimbrough), Hugo (Jason Alexander), et Laverne (Jane Withers).
Un cirque de voleurs, dirigé par Sarousch (Michael McKean), entre dans la ville de voler la cloche le plus aimé de Notre-Dame: La Fidèle, dont l’intérieur est décoré avec d’énormes bijoux de différentes couleurs. Il envoie Madellaine (Jennifer Love Hewitt), sa belle assistante, pour découvrir les allées et venues de La Fidèle; Toutefois, elle se enfuit après avoir vu Quasimodo, le sonneur de cloches de Notre-Dame et à ce titre, le gardien de La Fidèle. Les gargouilles convaincre Quasimodo d’aller au cirque dans une tentative de Madellaine judiciaire. Sarousch enchante le public quand il fait disparaître un éléphant tandis que ses associés volent de l’auditoire. Forces Sarousch Madellaine à suivre Quasimodo et d’obtenir les informations qu’il veut. Elle suit Quasimodo et Zephyr, et après avoir vu comment douce Quasimodo est avec Zephyr, son apparence ne la gêne. Quasimodo emmène autour de Paris, et montre ses nombreux sites.
Pendant ce temps, Phoebus reçoit des signalements de vols et énonce sur son cheval, Achille, pour enquêter. Les gargouilles et un groupe de personnes chanter une chanson qui raconte comment Quasimodo et Madellaine sont dans l’amour comme la pluie commence à tomber et Quasimodo et Madellaine courir dans la cathédrale. Madellaine sèche hors derrière un rideau, et Quasimodo montre son La Fidèle. Quasimodo Madellaine donne une figurine il a fait d’elle, et il lui dit qu’elle peut maintenant se voir à travers ses yeux. Les larmes dans les yeux de Madellaine, et après avoir embrassé Quasimodo sur le front, elle quitte.
Le lendemain, Quasimodo se sent bizarre; une minutes, il se sent malade, le lendemain il se sent énergique. Après, il demande l’aide de Esmeralda, elle se rend compte qu’il est en amour avec Madellaine et lui dit qu’il doit dire Madellaine de ses sentiments. Phoebus entre et déclare que le cirque est responsable d’une série de vols dans laquelle Madellaine pourraient être impliquées, qui ne se plaisait pas les autres personnages principaux (Quasimodo raison d’être en amour avec Madellaine, Esmeralda raison de croire que Phoebus détient toujours vues d’un préjugé envers gitans, et Zephyr due à admirer le cirque).
Sarousch Madellaine convainc de distraire Quasimodo alors qu’il vole La Fidèle, et elle accepte à contrecœur. Plus tard, alors que Quasimodo est avec Madellaine, Sarousch et deux de ses subordonnés se faufiler dans la cathédrale. Zephyr et Djali la chèvre les suivent et regardent Sarousch provoque La Fidèle à disparaître. Les gargouilles, qui avaient tenté de déposer une cloche sur les voleurs, retrouver piégé sous elle; Laverne enfonce un de ses côtés, provoquant la cloche pour Clang fort. Entendre le bruit, Quasimodo et Madellaine précipitent. Après l’archidiacre découvre que La Fidèle a été volé, Clopin (Paul Kandel) dit que si ils ne trouvent pas la cloche, le festival sera ruiné. Phoebus devine que Sarousch est responsable. Il envoie les soldats dans tout Paris pour trouver Sarousch. Quasimodo suppose que Madellaine l’a utilisé, et raconte Phoebus qu’il avait raison et il retourne dans la cathédrale. Phoebus se excuse auprès de Quasimodo et a Madellaine arrêté, et après avoir réalisé qu’il avait perdu son véritable amour et ne peut plus lui faire confiance, Quasimodo se met à pleurer sur les marches de Notre-Dame se sentir misérable, utilisés et trahis.
Quasimodo monte au clocher, entend les gargouilles d’appel, et tire la sonnette hors eux. Après qu’ils lui disent Zephyr quitte à poursuivre Sarousch, Quasimodo et Esmeralda se précipitent pour le Palais de Justice de dire Phoebus. Madellaine, qui est enfermé dans une cellule, leur dit Sarousch a pris la cloche souterrain. Bien Esmeralda convainc son mari de faire confiance à la parole de Madellaine, il se lie néanmoins les mains de Madellaine et la force à l’accompagner.
Quasimodo et les autres se aventurent dans les catacombes humides. Ils rencontrent Djali, qui les emmène à Sarousch et Zephyr. Sarousch force Phoebus et les gardes à ouvrir la porte pour permettre à son radeau travers en utilisant Zephyr comme otage. Madellaine convainc Quasimodo de lui faire confiance, et la paire exploités jusqu’à une cage d’escalier. Quasimodo lassoes un rocher pour créer une corde raide, et Madellaine marche à travers elle. Lorsque le radeau passe sous elle, saisit Madellaine Zephyr de l’étreinte de Sarousch. Avec Sarousch volé de son effet de levier, les gardes avancent sur Sarousch et de l’arrêter.
Le film se termine avec Quasimodo et Madellaine proclamant leur amour pour l’autre et de partager leur premier baiser tout sonne Zephyr La Fidèle.