Fantasia commence immédiatement (il n’y a pas de générique d’ouverture ou de logos, de quelque nature) avec les rideaux se ouvrent pour révéler un stand d’orchestre. Les musiciens sont vu montent le stand, prendre leurs places, et le réglage de leurs instruments. Maître de cérémonie Estime Taylor arrive et offre une introduction au film. Stokowski apparaît et commence la réalisation des premières souches de sa propre orchestration de la Toccata et Fugue en ré mineur, par Johann Sebastian Bach (à l’origine écrite pour orgue solo).
Le premier tiers de la Toccata et Fugue est en live-action, et dispose d’un orchestre jouant la pièce, éclairée par des motifs de lumière abstraits définis dans le temps à la musique et soutenus par des ombres stylisées (et superposées). Les premières parties de la pièce sont lus dans chacun des trois canaux sonores (première le droit, puis la gauche, puis au milieu, puis chacun d’eux) comme une démonstration de Fantasound. Le nombre enchaîne dans une pièce d’une animation abstraite première pour le studio Disney fixer dans le temps à la musique. Toccata et Fugue a été inspiré principalement par le travail de abstraite animateur allemand Oskar Fischinger, qui travaillait pour un bref moment sur ce segment. L’animation enchaîne de nouveau dans le film live-action de Stokowski comme la pièce conclut, créant un précédent pour le reste des numéros musicaux.
Bien que l’Orchestre de Philadelphie a enregistré la musique du film (à l’exception de L’Apprenti Sorcier), ils ne apparaissent pas à l’écran; l’orchestre utilisé à l’écran dans le film est composé de musiciens locaux de Los Angeles et les employés des studios Disney comme James Macdonald et Paul J. Smith, qui miment les pistes préenregistrées par Stokowski et l’Orchestre de Philadelphie. À l’origine, l’Orchestre de Philadelphie a été prévu pour être tourné dans l’introduction et interstitiels segments, mais l’union et les considérations budgétaires empêché de venir à ce passer.