Dans Peter Pan 2, l’histoire commence pendant la Seconde Guerre mondiale à Londres, lors de la campagne de bombardements de la Luftwaffe pour préparer l’opération: Sea Lion. Ancienne playmate de Peter Pan Wendy Darling a grandi et se est marié et a deux enfants de son propre: un 12-year-old daughter Jane, et un fils de 4 ans, Danny. Son mari Edward est envoyé au combat dans le théâtre européen de la guerre, la laissant pour élever les enfants par elle-même. Elle essaie de garder le moral avec des histoires de Peter Pan, mais Jane est devenue cynique sous la pression de la guerre, rabaisser les histoires raconte sa mère et de ridiculiser la foi de son frère en eux.
Capitaine Crochet, toujours en quête de vengeance contre Peter Pan, navigue à travers les cieux sur son bateau pirate pixie-poussière enchanté, conclut Jane dormir par la fenêtre, et – la prenant pour Wendy – enlève son à utiliser comme appât pour Peter. Cependant, son navire déclenche une alarme et est pris pour un bombardier de la Luftwaffe et le crochet doit échapper pour sa vie que les Allemands attaquent plans de Londres et de la Royal Air Force Spitfire se déplacent sur le navire. Retour au Never Land, il laisse tomber la jeune fille dans les tentacules d’attente de « la bête », une pieuvre géante, se attendant à Peter également être dévoré par lui comme il plonge après « Wendy » pour la sauver. Cependant, Peter sauve Jane et Crochet est mangé à la place. Bien crochet parvient à se échapper, la pieuvre bénéficie son goût (un peu comme le crocodile, il avait finalement réussi à perdre bien avant) et commence à lui traquer.
Peter sauve Jane, et sur la recherche, elle est la fille de Wendy, suppose qu’elle aimerait suivre les traces de sa mère. Il l’emmène chez lui pour être la mère des garçons perdus, mais Jane refuse, plus intéressés à rentrer à la maison. Ils essaient de lui faire se amuser et de lui apprendre à voler, mais elle échoue parce qu’elle ne croit pas. Elle laisse échapper qu’elle ne croit même pas aux fées, ce qui laisse la Fée Clochette mourir lentement.
Jane leur laisse, et est approché par Hook, qui ses tours avec un accord. Il promet de ramener à la maison et se trouve qu’il ne nuira pas à Pierre, et elle se engage à l’aider à trouver son trésor. Il donne un sifflet Jane lui signaler quand elle localise. Elle revient sur les Lost Boys jouer à un jeu de «chasse au trésor», et ils essaient de gagner son à devenir l’un d’eux, alors elle va croire aux fées et restaurer la santé de Tinker Bell. Lorsque Jane trouve le trésor et Peter et les garçons perdus lui faire la Fille première perdu, elle jette le coup de sifflet de Hook distance (avant qu’elle ne devienne une fille perdue), mais Tootles trouve et – ne réalisant pas ce que ce est pour – il souffle. Crochet et l’équipage arrivent, et de capturer Peter Pan et les garçons perdus, mais laissez Jane vont guise de remerciement pour «aider» les. Peter entend cela et dit que maintenant parce qu’elle ne croit toujours pas aux fées, la lumière de Tink sortait.
Retour à la maison de les Lost Boys, Jane arrive à Clochette trop tard, mais avec sa croyance retrouvée, elle ranime. Ils se dépêchent de le Jolly Roger, où ils trouvent Peter sur la planche. Jane le sauve, et avec l’aide de la «foi, la confiance et la poussière de lutin » apprend à voler. Crochet attrape Jane, mais Peter sauve aussi le naufrage du navire. Crochet et la sortie des pirates via une chaloupe, poursuivi par la pieuvre géante qui, en raison d’un problème majeur de vue, estime qu’ils soient différentes sortes de poissons.
Maintenant qu’elle peut voler, Jane est en mesure de retourner à la maison à Wendy et Danny; Pierre et Clochette son escorte. Peter et Wendy sont brièvement réunis, et il est mécontent qu’elle a grandi, mais elle lui assure qu’elle n’a pas vraiment changé; Tinkerbell, après avoir surmonté sa jalousie de Wendy, la couvre de poussière de lutin, lui permettant de voler une dernière fois; Wendy a prouvé son point à Pierre, et lui, un peu triste de perdre un ami, se envole, Wendy, Jane, Danny et Nana regarder. Edward revient de l’armée, les plans de Hitler d’envahir la Grande-Bretagne ont été contrecarrés par la Royal Air Force (couplée avec des pertes massives dans Stalingrad), la famille est réunie, et la famille regarde Peter Pan et Clochette tranquillement rentrer à la maison.