L’histoire de Monstres academy commence avec monstre Michael «Mike» Wazowski lors d’un voyage sur le terrain de l’école pour Monsters Inc., une société d’effarouchement. Au Monsters Inc., la classe répond Frank McCay, un employé de la société qui travaille comme « effaroucheur », entrant dans le monde humain pour effrayer les enfants la nuit et la récolte de leurs cris que l’énergie pour alimenter le monde de monstre. Comme Frank prépare à entrer dans une porte dans le monde humain, les enfants remarquent que Mike a glissé inaperçu à la porte de Frank, qu’il pénètre ensuite avant que quiconque puisse l’arrêter. Mike montres la performance de peur de Frank, puis le suit à travers la porte sur le monde de monstre. Frank gronde Mike, mais est impressionné par sa capacité à avoir glissé tranquillement dans et hors de la salle, et lui donne son chapeau Monstres Academy comme un souvenir. L’enseignant le réprimande ainsi, mais Mike est heureux et inspiré à être un effaroucheur quand il grandit.
Environ onze ans plus tard, Mike est un grand de peur et commence sa première journée à la prestigieuse université Monsters. Sur sa première journée, Mike lie d’amitié avec son colocataire, l’Randall ringard et timide « Randy » Boggs, qui veut être populaire et a du mal à maîtriser son pouvoir de camouflage. Au cours de la première classe du programme de frayeur, comme Mike répond à une question, il est interrompu par un autre élève de frayeur, une grande monstre bleu arrogante nommé James P. « Sulley » Sullivan. Toute la classe est également informé par Dean Hardscrabble, le doyen poupe du programme de frayeur, qu’ils doivent passer leur examen final du semestre afin de continuer dans le programme. Alors que Mike étudie une nuit, Sulley barges par inadvertance dans sa chambre afin de cacher la mascotte de porc d’un collège rival. Alors que les deux se chamaillent, la mascotte vole précieux chapeau et se échappe MU de Mike. Mike et Sulley chassent le cochon à l’extérieur et se efforcent de le capturer, mais quand Mike parvient enfin à le faire, Sulley obtient le crédit, et est invité à rejoindre Omega Roar Roar, la fraternité d’élite sur le campus. Mike souhaite rejoindre, mais est refusé, grossissant la rivalité entre les deux.
Mike étudie fort et à plusieurs reprises répond correctement à des questions en classe, tandis que le Sulley privilégié, convaincu tout ce qu’il faut, ce est sa capacité d’effarouchement naturel, commence à se essouffler. À l’examen final, la rivalité entre Mike et Sulley sort de la main, ce qui entraîne Dean Hardscrabble à défaut à la fois et en les déposant dans le programme, qui invite Roar Roar Omega pour lancer Sulley de la fraternité. Malheureux dans son ennuyeuse nouvelle majeure, Mike décide d’entrer dans les Jeux effarouchement, une compétition parascolaire impliquant une série de défis physiques qui teste la capacité d’effarouchement d’un monstre. Comme les participants doivent être membres d’une fraternité ou sororité, Mike rejoint Oozma Kappa, une petite fraternité des monstres de désadaptation. Mike tente d’entrer Oozma Kappa dans les jeux de la peur, mais est dit qu’il a besoin d’un autre membre. Sulley, voir la compétition que son billet de retour dans le programme de frayeur, propose de se joindre, ce qui Mike accepte finalement à contrecœur. Dans le processus d’adhésion, Mike fait un accord avec Dean Hardscrabble, le fondateur des jeux, de réadmettre toute leur équipe pour le programme d’effarouchement se ils gagnent, alors que se ils perdent, Mike doit quitter Monstres Academy. Sulley prévoit de transporter l’équipe lui-même, mais Mike croit que, avec suffisamment de formation, l’équipe peut réussir. Pendant ce temps, Randy devient membre de Roar Roar Omega et rompt son amitié avec Mike.
Avec l’équipe de dernière mise à chaque tour des Jeux étant éliminé de la compétition, Oozma Kappa avance miraculeusement passer le premier tour et survit par pure chance. Ils assistent alors une fête à la maison Omega Roar Roar où, initialement, les autres concurrents semblent les accepter, mais ils jouent farces de fraternité et humilient Oozma Kappa place. Le groupe est déconseillée, car ils sont maintenant la risée de tout le campus, donc Mike organise une visite secrète à Monsters, Inc. pour leur remonter le moral. Après cela, Oozma Kappa utilise leurs esprits pour faire avancer tout le chemin jusqu’à la finale contre Roar Roar Omega. Même se étant avancé jusqu’ici, Sulley ne croit pas que Mike peut être un vrai effaroucheur raison de son manque de capacité naturelle. Après que l’équipe gagne étonnamment la ronde finale, Mike découvre que Sulley a manipulé l’équipement afin que Mike allait enregistrer un score parfait. Mike est le cœur brisé et veut prouver à tout le monde qu’il est capable de devenir un effaroucheur. Il se introduit dans le laboratoire de la porte et utilise une porte nouvellement conçu pour entrer dans le monde humain, mais son plan tourne mal quand il se avère que le porte mène à un camp d’été et il échoue complètement pour effrayer les enfants.
Retour à l’université, Sulley avoue Hardscrabble qu’il a triché, tout comme elle est notifiée de l’effraction. Réalisant ce qui se est passé, Sulley entre la porte à la recherche de Mike. Après avoir trouvé Mike et de réconciliation, la paire, actuellement poursuivi par des adultes humains, tentative de retour, mais Dean Hardscrabble a désactivé la porte jusqu’à ce que l’Agence de détection enfant arrive, les piégeant dans le monde humain. Mike se rend compte que le seul moyen de revenir dans le monde de monstre est de générer suffisamment d’énergie pour alimenter cri la porte de leur côté. En travaillant ensemble, Sulley et Mike effrayer les adultes enquête, générant une quantité énorme d’énergie de cri et leur permettant de retourner au laboratoire. Leurs actions conduisent à leur expulsion de l’université, mais les autres membres de Oozma Kappa ont été acceptés dans le programme de peur que le prochain semestre Hardscrabble a été impressionné par leur performance dans les jeux. Ils partagent adieux et comme Sulley et Mike quittent approches Hardscrabble et leur dit qu’ils sont les premiers à l’avoir surpris, et leur souhaite chance pour l’avenir. Mike et Sulley prennent des emplois à Monsters, Inc. dans l’entreprise salle de courrier avec l’abominable homme des neiges. Au fil du temps, ils travaillent leur chemin jusqu’à ce qu’ils deviennent partie intégrante de l’équipe Scarer, établir l’histoire de Monsters, Inc.
Dans l’après-crédits, la limace monstre jaune (qui a été vu plus tôt dans le film) arrive enfin à la salle de classe, mais apprend du concierge que l’année scolaire est terminée. L’étudiant slug fonctionne dos qui il passe toute sa vacances sur.