Bernard et Bianca au pays des kangourous commance dans l’Outback australien, un jeune garçon nommé Cody est racontée par son ami, un kangourou appelé Faloo, au sujet d’un grand aigle d’or piégé appelé Marahute, qui est emprisonné au sommet d’une falaise et qu’il est le seul qui peut la libérer . Après avoir escaladé la falaise, Cody sauve l’aigle en coupant ses limites. Dans le processus, il est accidentellement renversé de la falaise, mais Marahute abat et le rattrape sur son dos juste avant qu’il ne touche le sol. Befriending Marahute, Cody est prise sur une balade à travers l’air avant été prises pour son nid, où il est montré ses trois oeufs qui sont proches de l’éclosion, et donné une plume par son en guise de remerciement pour sa libération. Plus tard, le garçon est capturée dans un piège en braconnier locale voulu McLeach. Lorsque McLeach trouve une des plumes de l’aigle dans le sac à dos de l’enfant, il est instantanément surmonter avec enthousiasme, car il sait que de capturer un tel oiseau grandiose rendrait riche. McLeach kidnappe l’enfant et tente de forcer hors de lui se trouvait le rare aigle.
Pendant ce temps, un message est envoyé à New York au siège de sauvetage Société de l’aide, et Bernard et Bianca, agents de terrain d’élite »les RAS, sont affectés à la mission, interrompre la tentative de Bernard de proposer le mariage à Bianca. Ils vont trouver Orville, l’albatros qui les aida précédemment, mais trouver la place Wilbur, le frère de Orville. Bernard et Bianca convaincre Wilbur les faire voler en Australie pour sauver Cody. En Australie, ils rencontrent Jake, un rat kangourou qui est opérationnel régionale locale de la RAS. Jake flirte plus tard avec Bianca, au grand dam de Bernard. Il sert comme leur guide et protecteur à la recherche du garçon. Wilbur est immobilisée lorsque la colonne vertébrale est courbée sur sa forme naturelle, convaincre Jake lui reléguer à l’hôpital.
Quand il refuse de subir une intervention chirurgicale et tente de fuir la place, le dos de Wilbur est involontairement redressé par les efforts déployés par le personnel médical de la souris pour l’empêcher de se échapper par une fenêtre. Guéri, il part à la recherche de ses amis. Au ranch de McLeach, Cody a été jeté dans une cage avec plusieurs des animaux capturés de McLeach après avoir refusé de renoncer à la localisation de Marahute. Cody tente de libérer les animaux, mais est contrecarrée par Joanna, l’animal de compagnie de goanna McLeach. McLeach dit finalement Cody que quelqu’un d’autre a tiré Marahute, incitant Cody en lui menant à un nid d’Marahute.
Bernard, Bianca, et Jake, demi-conscient de ce qui se passe, sauter sur Halftrack de McLeach à le suivre. Au nid de Marahute, les trois souris essaient d’avertir Cody qu’il a été suivi; comme ils le font, McLeach arrive et capture Cody, avec Marahute, Jake, et Bianca. Wilbur arrive au nid, après quoi Bernard le convainc de se asseoir sur les oeufs de l’aigle, qui avait sauvé de Bernard moments Joanna avant. McLeach prend Cody et Marahute Crocodile Falls, où il lie Cody et lui pèse sur les crocodiles éponymes. Bernard, monté sur un type de cochon sauvage appelé « Razorback », dont il avait apprivoisé en utilisant une technique cheval chuchotant utilisé précédemment par Jake, suit et désactive le véhicule de McLeach, empêchant l’utilisation de sa grue pour mettre Cody à risque. McLeach tente alors de tirer sur la corde tenant Cody dessus de l’eau. Pour enregistrer Cody, Bernard astuces Joanna en se écraser dans McLeach, envoyant les deux dans l’eau. Les crocodiles chassent McLeach, tandis que derrière eux la corde endommagée tenant Cody se brise. Bien McLeach parvient à repousser les crocodiles, que Joanna atteint le rivage tandis McLeach va sur une chute d’eau beaucoup plus grande à sa mort.
Bernard plonge dans l’eau pour sauver Cody, mais échoue. Jake et Bianca libérer Marahute dans le temps pour elle de récupérer Cody et Bernard. Bernard, désespérée pour éviter d’autres incidents, propose d’épouser Bianca, qui accepte avec empressement tout Jake le salue avec un nouveau respect. Tout d’entre eux partent pour la maison de Cody. Wilbur, qu’ils ont négligé de soulager de sa tâche, couve les oeufs jusqu’à leur éclosion, à sa grande consternation.